一、失去享受高企税收优惠政策的资格，且要补缴失效当年全年税款
国家税务总局2017年发布的关于《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠政策有关问题的公告》，明确了高新技术企业享受所得税优惠政策的起止时间。
在获得高新技术企业证书当年1月1日起可享受所得税优惠政策，在高新技术企业证书到期当年未复审通过重新取得的证书的企业，证书失效当年将不再享受所得税优惠政策，应按25%的税率补缴少缴的税款。
未通过高企重新认定首先面临的是需要补缴高企证书失效当年全年的税款，因为证书失效当年不再享受所得税15%税率优惠。
例如：某企业的高企证书2020年8月15日到期，在2020年可按照15%的税率预缴企业企业所得税税款;若2020年底未能通过高企复审的话，将在2021年汇算清缴时按25%的税率补缴2020年全年少缴的企业所得税税款。
二、不能申请企业研发资助款项
根据2020年企业研究开发资助申请指南的申报条件，申报研发资助的企业需为国家高新技术企业、市高新技术企业或规模以上工业企业和服务业。除了市级的研发资助需要高企资质外，各区级研发资助申报条件也需要企业获得高企资质才能申请。一旦企业失去高企资格，也就不再能申请企业研发资助款项了。
三、其他影响
1、据调查高新技术企业资质具有较高的社会影响力，许多重大项目的招投标都要求企业具备高新资质。一旦不能通过复审或未参加复审，企业在运营决策必将受到影响。
2、高新认定管理办法虽没有禁止未通过或未参加高企复审的企业再次申报高企，但是由于未能满足复审条件(近三年资料不符合高企要求)，再次申报的需等待较长时间。这不仅增加了工作的难度，还会存在政策变化的风险。
二、高企复审注意事项
1、企业必须在高企工作网上查询确认申请材料已经成功提交后方可到窗口提交纸质材料，否则申请将无法进入复审程序。
2、企业必须认真核查，确保《复审申请表》中的数据和审计报告数据以及申报系统中提交的数据保持一致，否则按无效申请处理，不予评审。
3、企业须认真核查财务数据，确保各种报告及报表之间的数据前后一致，如存在差异的须在其他证明材料中提供合理的书面解释，否则按无效申请处理，不予评审。
4、税务部门将对企业申报高新技术企业的销售收入和申报所得税销售收入进行核查比对，企业申报高新技术企业的销售收入与申报所得税销售收入有差异的，须在其他证明材料中提供书面说明。
5、专项审计报告应体现《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》的要求，须包括企业基本情况、近一年高新技术产品(服务)收入总体情况、高新技术产品销售收入和服务收入明细、近三年的研究开发投入总体情况和按年度分项目、分经费科目的研究开发费用明细等内容
