1.领导层要重视研发部门的设置
包括人员的配备和设备的配备。要重视研发部门与财务部门的沟通与协调。研发部门在制订研究开发项目立项报告的基础上与财务部门共同建立研发投入核算体系，建立研发人员的绩效考核奖励制度。研发部门与财务部门共同按月编制研究开发项目立项报告及企业研究开发项目情况表，以各个研发项目为单位分别进行测度并加总计算研发费用。
2.健全内部控制制度
确保研究开发费用核算归集的真实、准确。企业应按月对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写企业年度研究开发费用结构明细表。对研究开发部门的各项费用建立辅助账册，进行单独核算。具体来讲应建立如下控制制度 。
3.建立人工费用控制制度
员工的录用、辞退应经过研究开发项目相关负责人批准，并编制研发人员名册，准确核算人员费用。研究开发项目管理部门统计工时，负责工资计算的部门依据研究开发项目管理部门统计的工时和规定的工资标准制作工资表。研发人员的工资表经过研究开发项目有关负责人签署后报财务部门发放工资，财务部门依据各研究开发项目的工时统计计算各项目的工资费用。
4.建立材料、工装准备控制制度
财务部门在每月的月底处理完所有的研究开发项目的领料单、出库单。财务部门和研发部门每月核对领料情况，财务部门作为研发费用记账依据的原材料领用单必须经过研发部门有关负责人签署。财务部门依据各研究开发项目的工装准备费用单据计算各项目的工装准备费用。
5.关于长期资产摊销
研发活动所需的长期资产的购置必须经过研究开发项目相关负责人批准。摊销的会计政策经过申报企业的董事会批准，会计部门执行经过批准的会计政策。长期资产摊销费用在不同研究开发项目之间按照机器工时或其他合理标准分配，各研究开发项目的机器工时或其他标准统计单据须经过研发部门相关负责人签署。
6.建立外包制度
所有研发活动的外包合同必须经过研究开发项目负责人签署。财务部门依据经过签署的研发活动外包合同和对方提供的有效付款凭证，以及表明经过研究开发项目负责人签署的外包研发活动进展情况的验收确认单据付款，会计人员核对合同和付款单据后记账。研发机构对委托境外的外部研发投入和境内的外部研发支出在费用单据上进行标注，并经相关负责人审批。财务部门对委托境外的外部研发投入和境内的外部研发支出分别设立账户核算。所有的外包支付申请必须说明外包所属的研究开发项目名称、项目编号。财务部门依据研究开发项目名称、项目编号将外包费用计入相应的研究开发项目。
7.正确核算高新技术产品（服务）收入
按照技术转让合同和其他合同分明细项目进行核算，尽量与所进行的研究开发项目对应，归属哪个项目的收入就列在该项目名下，并且与非高新技术产品 (服务 )区别开。
