thermo离子阱质谱具有高质量精度，提高了复杂样品中蛋白质鉴定的速度和可***性，较大程度地降低了假阳性率。超高分辨率使得完整蛋白质的分子量测定和同分子量物质的深入分析成为可能，并获得可K分析结果。这些性能确B研究者能以更高的序列覆盖率、更为可K地鉴定更多蛋白质。
主要应用：
1、应对代谢物鉴定和确证，thermo离子阱质谱可自动查找到所有可能的代谢物。
2、基于离子/离子化学的电子转移解离，thermo离子阱质谱是实现此技术的仪器。ETD与CID互为补充，提高蛋白序列覆盖率；保护不稳定PTM翻译后修饰基团，简化数据分析；单次进样自动启动CID和ETD。
3、母离子智能选择：自动数据依赖多级质谱采集技术不仅能为用户提供预测代谢物结构信息，也能提供提供未预测的代谢物结构信息。此外，使用自动固定中性丢失数据依赖性扫描触发三级质谱扫描能检测某一类的代谢物。使用MetWorks和MassFrontier分析软件增强复杂基质钟代谢物筛选和鉴别功能，使谱图解析更加简便。
4、应对蛋白质组学和生物标记问题，ETD解离技术使LTQ XL成为蛋白质组学研究较强大的分析工具。
5、thermo离子阱质谱可配置ETD裂解源，ETD能够为线性离子阱提供类似ECD的裂解碎片，在生成大量肽段碎片的同时，保护不稳定的PTM翻译后修饰集团，例如磷酸化翻译后修饰。ETD功能与赛默飞世尔线性离子阱的高离子储存量相结合，是蛋白质和肽类分析的新型有效工具。
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